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국세청이 세무조사 전체 과정에서 적법절차 준수를 위한 연구용역을 한 사례는 찾아보기 드물다. 3년 전인 2021년 ‘조세범칙조사의 미래 발전방향 연구’를 진행했으나 이는 조세범칙조사로 범위가 제한적이었다. 오히려 가장 최근인 2022년 세무조사 관련 연구는 ‘다국적기업 등의 세무조사 비협조·거부에 대한 효과적인 대응’으로 세무조사의 효율성 강화에 초점을 맞췄다.
국세청이 세무조사 적법절차 점검에 나선 것은 최근 법원이 절차적 정당성을 엄격히 따지고 있기 때문으로 보인다. 지난해 11월 대법원(2020두51181)은 국세기본법에서 규정한 ‘세무조사 범위 확대 통지 의무’를 위반한 것이 중대 절차적 하자에 해당하므로 과세처분의 취소사유가 될 수 있음을 최초로 판시했다. 또 해당사건은 적용되지 않았지만, 2017년부터 국세기본법에 명시된 세무조사 결과 통지기간(20일 이내)을 준수하지 않는다면 향후에는 중대한 절차상 하자로 판단할 가능성도 내비쳤다.
세무조사 과정에서 적법절차 준수 여부를 엄격하게 판단하는 것은 법원뿐만이 아니다. 조세심판원(과세 불복 절차의 하나인 심판 청구를 심리하고 결정하는 기관)은 이미 여러차례 국세청의 ‘세무조사 범위 확대 통지 누락’을 중대한 절차적 하자로 보고 과세처분 취소 사유로 판단한다. 또 지방청·세무서 및 본청에 설치된 납세자보호위원회도 최근 5년(2018~2022년) 588건의 세무조사 분야 권리보호요청 신청 중 약 절반에 가까운 276건(약 47%)을 시정했다.
아울러 국세청은 이번 용역을 통해 불복절차 등 납세자 권리강화도 함께 연구할 것으로 예상된다. 국세청 관계자는 “납세자들이 과세 불복 과정에서 절차나 내용적 측면에서 어떤 어려움이 있는지도 외부의 시각에서 연구해달라고 요청했다”며 “연구용역을 바탕으로 세무조사 적법절차 제고 및 과세불복 절차 고도화 정책에 반영할 것”이라고 말했다.
김영순 인하대 법학전문대학원 교수는 “법원은 최근 판례에서 세무조사 절차적 부분에 대한 통제를 강하게 하려는 경향이 뚜렷하고, 납세자보호위원회 등도 절차적 심사를 강화하는 추세”라며 “국세청 입장에서는 세무조사 절차를 개선해야 할 필요성이 커졌다”고 말했다.
