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아울러 대검은 유보부 이첩 외에도 사법경찰관이 공수처에 영장을 신청하도록 규정하고, 공수처가 수사 후 검찰에 송치해야 하는 사건에 대해 공수처가 불기소 결정을 하도록 규정한 것을 두고 각각 “형사소송법과 정면으로 상충될 뿐만 아니라, 사건관계인들의 방어권에도 지장을 초래할 것으로 우려된다”, “법률상 근거가 없고, 고소인 등 사건관계인들에게 혼란을 야기할 우려가 있다”고 지적했다.
공수처는 대검 주장을 정면 반박했다. 공수처는 이날 기자들에게 보낸 입장문에서 “대검의 공수처 사건·사무규칙이 법적 근거가 없다는 주장은 사실이 아니다”며 “공수처 사건·사무규칙은 공수처법 제45조에 근거를 두고 있으며 대통령령에 준하는 효력이 있다”고 주장했다.
대검의 비위 검사 관련, 사법경찰관이 공수처에 영장을 신청하는 내용의 규칙이 형사소송법과 충돌한다는 입장에 대해선 “검찰은 헌재의 결정을 도외시하고 있다”면서 “헌재는 지난 1월 28일 공수처 검사의 영장청구권을 명백하게 인정했다”고 강조했다.
그러면서 “공수처의 검사에 대한 공소권은 검찰의 제 식구 감싸기를 방지하기 위해 부여됐다”면서 “대검의 주장은 검사 비위에 대해 검찰에 영장을 신청하라는 뜻으로 검사 비위 견제라는 공수처법에 반한다”고 덧붙였다.
또 공수처는 대검이 공수처의 불기소 결정은 법률상 근거가 없다고 한 것에 대해선 “공수처법 제27조는 공수처의 불기소 결정권을 명문화하고 있다”고 반박했다.
공수처 관계자는 “검찰을 포함한 다른 수사기관과의 유기적인 협력 관계를 지향하고 법률에 따라 주어진 소임을 다하면서 기관 간 협력을 통해 국가 전체의 반부패 수사 역량이 효율적으로 사용되기를 희망한다”고 밝혔다.