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9일 오전 대검찰청 입장문을 내고 “채널A 사건 관련, 수사지휘권 박탈은 형성적 처분으로 쟁송 절차에 의해 취소되지 않는 한 지휘권 상실이라는 상태가 발생한다”며 “결과적으로 서울중앙지검이 자체 수사하게 된다”고 밝혔다. 이어 중앙지검에 업무참조공문을 보내 이 같은 사실을 통보했다. 이로써 추 장관이 지난 2일 수사지휘권을 발동해 윤 총장에게 지시한 두 가지 지시사항인 `수사의 적정성을 따지는 전문수사자문단 소집 중단`과 `서울중앙지검 수사팀에 대한 수사 독립성 보장`을 모두 충족시켰다.
이에 법무부는 “만시지탄(晩時之歎 ·시기가 늦었음을 한탄함)이나 이제라도 장관의 지시에 따라 수사 공정성 회복을 위해 총장 스스로 지휘를 회피하고 채널A 강요미수 사건 수사팀이 독립적으로 수사할 수 있도록 결정한 것은 공정한 수사를 바라는 국민 바람에 부합하는 것”이라고 응답했다.
하지만 전날 대검이 건의한 `서울고검장을 본부장으로 하는 독립 수사본부 구성`과 관련해서는 양측이 여전히 진실공방을 벌였다. 특히 대검은 `추 장관의 수사지휘를 수용했다`는 표현에 대해서도 “수용이나 불수용으로 볼 것이 아니다”라며 “지휘권 상실로 결과적으로 중앙지검이 최종 책임지고 자체수사하게 된 것”이라고 설명했다. 즉 어쩔 수 없이 결과적으로 그렇게 됐지만 자발적으로 받아들인 상황이 아니란 점을 드러내며 불만을 표시한 것이다.