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정부는 2007년 7월 강배짱씨 같은 ‘악덕 사장’을 만난 사업자들을 위해 구제책을 도입했다. 바로 ‘매입자 발행 세금계산서 제도’다. 이에 따르면 세금계산서 발급 의무가 있는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그에 대한 세금 계산서를 발급하지 않으면 그 재화 또는 용역을 공급받은 사업자(매입자)가 관할세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발급할 수 있다.
이 제도는 경제적으로 우월한 지위에 있는 공급자가 과세표준이 노출되지 않도록 하기 위해 세금계산서를 발급하지 않는 사례를 방지하기 위해 마련됐다. 도입 당시에는 일반과세자로부터 재화나 용역을 공급받는 자에 한해 적용했지만, 2021년 7월부터는 세금계산서 교부 의무가 있는 간이과세자까지 확장했다.
매입자 발행 세금계산서를 신청하는 매입자는 그 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일로부터 6개월 이내에 거래 사실 확인 신청서를 작성해 관할 세무서장에게 제출해야 한다. 신청서에는 거래 사실 입증 자료를 첨부해야 하는데, △영수증 △거래명세표 △거래사실 확인서 등 대금 결제를 했다는 증빙이 있으면 된다.
이후 신청인이 할 일은 많지 않다. 이후 신청인 관할세무서장은 이 신청서를 공급자 관할세무서장에게 송부하고, 공급자 관할세무서장이 거래 사실 여부를 확인해 공급자와 신청인 관할세무서장에게 통보한다. 거래 사실 확인 통지를 받은 신청인 관할세무서장이 신청인에게 결과를 즉시 통지하면, 신청인은 매입자 발행 세금 계산서를 발행해 공급자에게 줘야 한다. 이 단계에서 공급자도 관할세무서장으로부터 거래 사실 확인 통지를 받았다면 그 자체로 교부된 것으로 간주한다.
단 매입자 발행 세금 계산서를 신청하기 위해서는 거래액이 10만원 이상이어야 한다. 여러 번 구매한 내역을 합칠 수는 없고, 거래 건당을 기준으로 판단한다.