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하지만 3년 임기인 상근 전문위원이 어느덧 임기 반환점을 돌았음에도 상근 전문위원과 전문위원회가 독립성을 가지고 전문성 있는 논의를 하지 못한다는 비판이 나오고 있다. 올해 초 삼성전자 의결권 행사 과정에서 수탁자책임전문위원회 내부의 반발이 있었고, 국내주식 투자 비중과 관련한 논의 과정에서는 투자정책전문위원회에서 불만의 목소리가 나오기도 했다.
국민연금 안팎에서는 상근 전문위원이 중요성이나 넓은 업무 범위를 고려할 때 입지가 명확하지 않은 탓에 거버넌스 문제가 계속되고 있는 것으로 보고 있다. 최근 국민연금 국정감사에서도 의결권 행사 과정과 관련해 “기금본부를 보강하기 위해 만든 조직인데 기능과 위상 문제가 있다”는 지적이 나왔다.
특히 국민연금 기금 규모가 내년에는 1000조원을 넘어설 것으로 예상되는 등 성장세여서 상근 전문위원과 전문위원회의 역할은 더 중요해질 것으로 보인다. 국민연금의 한 관계자는 “전문위원회가 생긴 후로 문제 지적이 계속되고 있지만 주무부처인 보건복지부에서는 상근 전문위원과 전문위원회에 대한 장악력을 계속 유지하려고 하는 것 같다”고 말했다.