이들 자사고는 교육 당국의 결정에 불복해 법원에 효력정지 신청과 행정소송을 제기했다. 부산 해운대고에 이어 배재고·세화고가 잇따라 승소하면서 향후 자사고 소송에도 영향을 미칠 것으로 보인다.
서울시교육청은 2019년 자사고 운영성과 평가를 적법한 절차에 따라 공정하게 진행했고 행정처분 과정에도 아무런 법률적·행정적 문제가 없었다는 입장이다. 뿐만 아니라 변론 과정에서 처분 기준 사전 공표, 평가지표의 예측 가능성, 기준점수 조정, 재량권 일탈·남용 여부 등 쟁점 사항에 대해 객관적인 증거자료를 바탕으로 충분히 소명했다고 설명했다. 서울시교육청은 법원 판결문이 송달되는대로 면밀히 검토한 후 항소할 계획이다.
조희연 교육감은 “2019년 자사고 운영성과 평가는 관련 법령에 따른 공적 절차로서 공정하고 합리적으로 진행됐는데도 평가 결과인 지정취소 처분을 뒤집은 법원 판결에 대해 강력한 유감을 표한다”며 “나머지 자사고 지정취소처분 취소 소송에서는 평가에 대한 적법성과 정당성이 받아들여져서 고교교육 정상화의 길이 열리기를 기대한다”고 밝혔다.