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센터는 군검찰이 박 전 단장에 대해 허위사실적시 상관명예훼손죄를 적용하면서 외압이 과연 허위사실이었는지에 대해서는 수사하지 않았다고 주장했다. 박 전 단장 수사 개시 이후 군검찰은 김계환 해병대 사령관이 임종득 국가안보실2차장을 비롯해 대통령실 관계자들과 여러 차례 전화했지만, 통화 내용이 무엇인지는 수사하지 않았다고 지적했다.
센터 측은 “검찰단은 대통령실 관계자들과 김 사령관의 통화 사실을 낱낱이 알고 있었으면서도 의도적으로 수사 과정에서 관련된 질문을 하지 않거나, 김 사령관이 거짓말을 하고 있다는 것을 인지하고서도 이를 묵과하고 추가로 조사하지 않는 등 대통령실 외압 사실을 숨기고자 하는 목적을 갖고 직무수행을 의식적으로 방임해 직무유기의 죄를 범했다”고 밝혔다.
그러면서 “검찰단은 대통령실 관계자 등 수사외압 규명을 위해 조사했어야 할 사람들을 제대로 수사하지 않고, 박 대령 측에 이들과 김 사령관의 통화 사실을 숨기기 위해 의도적으로 이름을 모두 지웠던 것”이라며 “이는 직권을 남용해 박 대령의 피고인으로서의 방어권과 변호인들의 변론권을 침해, 권리행사를 방해한 처사일 뿐 아니라 수사기관의 본분을 잊고 권력자의 입맛에 맞게 사건 자체를 왜곡한 중대 범죄 행위”라고 했다.
아울러 “오늘 고발하는 세 사람은 공정한 수사로 진실과 정의를 규명해야 할 군검찰업무 종사자로서 권력의 눈치를 보지 않고 오직 주어진 임무에 충실해 억울한 사람이 생겨나지 않게끔 할 책무를 가진 사람들”이라며 “그러나 이들은 자신의 책무를 망각하고 권력자들의 눈치를 보며 그들의 하수인으로 역할했다”고 했다.
한편, 군검찰단은 해병대수사단이 지난해 8월 2일 법령이 정한 절차에 따라 수사기록을 경상북도 경찰청에 이첩한 일을 박 대령이 수괴로서 수사단 소속 수사관 2명과 공동으로 벌인 집단항명죄로 입건했다가 죄명과 피의자를 변경해 박 대령만을 항명죄로 입건해 수사·기소했다. 여기에 외압이 있었다는 의혹을 제기하자 상관인 국방부장관의 명예를 훼손했다며 상관명예훼손죄도 적용한 바 있다.
