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검찰이 공수처가 송치한 사건에 대해 공수처 검찰 지위를 ‘사법경찰관’으로 보고 형사소송법에 따라 보완수사를 요구할 수 있다고 본 셈이다. 공수처는 판·검사 및 경무관급 경찰공무원 사건에 대해선 기소권과 수사권이 모두 있지만, 그외 고위공직자 사건은 수사한 뒤 검찰에 송치해야 한다.
공수처는 검찰 주장에 전면으로 반박한 것으로 알려졌다. 특히 공수처는 불기소권도 없다는 의견에 대해 공수처법 27조를 근거로 모든 고위공직자에 대해 불기소 결정을 내릴 수 있다는 입장인 것으로 전해졌다. 공수처법 27조는 ‘공수처장은 고위공직자 범죄에 대해 불기소 결정을 하는 때에는 해당 범죄의 수사 과정에서 알게 된 관련 범죄 사건을 대검에 이첩해야 한다’고 규정한다.
검찰과 공수처 간 의견 충돌은 공수처가 ‘1호’로 정한 ‘조희연 서울시 교육감 특별채용 부당 의혹’ 사건 처리 과정에서 더욱 불거질 것으로 보인다. 공수처는 조 교육감에 대한 기소권이 없어 사건의 검찰 송치는 불가피하기 때문이다.
공수처가 수사를 마친 후 검찰에 공소제기를 요구했을 때 검찰이 보완수사를 요구할 수 있고, 반대로 공수처가 불기소 결정을 내리면 검찰이 반발할 수 있다는 것이다.
공수처와 검찰은 조만간 사건·사무규칙 등 다양한 규정을 두고 이견을 좁히기 위한 실무협의체를 재가동할 전망이다.