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입주권과 분양권은 각각 장단점이 뚜렷하다. 입주권은 좋은 입지에 저렴한 가격으로 새 아파트를 분양받을 수 있다는 것이 장점이다. 또, 조합원이 먼저 동, 호수와 평형을 선택할 수 있어 단지 내 가치가 높은 로얄동, 로얄층을 선점할 수 있다. 다만, 재개발, 재건축 진행 기간이 평균 10년을 넘는다는 점에 비춰 새 아파트 입주까지 시간이 오래 걸리고, 최악의 경우에는 사업이 중단돼 입주가 무산되기도 한다.
반면에 분양권은 청약에 당첨되기만 하면 2~3년 이내로 새 아파트에 입주할 수 있다. 다만 누구나 선호하는 입지의 새 아파트는 청약 경쟁률이 높아 청약에 당첨되는 것이 어렵다. 또 도심에서 공급되는 새 아파트는 대부분 재개발, 재건축을 통한 것이어서 수요가 많은 평형이나 좋은 동, 호수는 아예 일반 분양 물량으로는 나오지도 않는다.
입주권과 분양권의 장단점을 따져 구체적 사정에 맞는 내 집 마련 방법을 선택할 수 있다. 특히 일반 분양을 앞두고 있는 단지의 입주권 시세를 눈여겨 살펴볼 필요가 있다. 보통 일반 분양을 앞두고 있는 단지의 경우 입주 지연의 위험이 사라져 입주권 시세가 분양 가격보다 높게 형성된다.
그러나 최근 공사비 등 비용 상승, 부동산 경기 침체로 인한 미분양 우려 등으로 일부 사업지에서는 일반 분양을 앞두고 있음에도 입주권이 지나치게 저평가돼 있는 사례들이 있다. 이런 특징을 가진 단지의 입주권을 매수하게 되면, 쉽게 새 아파트를 분양받을 수 있는 권리를 취득하면서도 저렴하게 새 아파트를 분양받을 수 있게 된다.