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세제상 가장 큰 혜택 중 하나인 1세대 1주택 비과세를 받기 위해서는 기본적으로 주택을 2년 이상 보유해야 한다. 다만 그 보유기간의 산정이 매우 중요하다. 집을 2채 이상 보유한 세대가 갖고 있던 집 1채를 제외하고 모두 팔아 1주택자가 됐다면, 해당 집에 대한 1세대 1주택 비과세를 위한 보유기간은 ‘양도 후 1주택자가 된 날’로부터 계산한다. 다만 집 2채중 1채를 팔 때 ‘일시적 2주택 특례’ 등(소득세법 시행령 제155조, 제155조의2 및 제156조의2) 비과세를 적용받아 팔아 1주택자가 됐다면, ‘양도 후 1주택자가 된 날’이 아니라 ‘최초 해당 집의 취득시점’부터 보유기간을 기산한다. 이 개정규정은 2019년에 이미 개정됐으나 아직 대다수 납세자들이 알지 못하고 있어서 주의가 필요하다.
내년부터는 1세대 1주택 비과세에 해당하는 경우 장기보유 특별공제도 달라진다. 올해까지는 2년 이상 거주한 주택의 경우 보유기간마다 연 8%씩 10년 이상일 경우 최대 80%의 장기보유특별공제를 적용했다. 그러나 내년 양도분부터는 거주기간도 새롭게 따진다. 기존 연 8%의 공제율을 보유기간 4%, 거주기간 4%로 각각 구분하는 것이다. 즉 10년 이상 보유하고 거주한 주택이어야 각 40%씩 최대 80%의 공제를 받을 수 있게 되는 것이다. 만약 2년 이상 거주했지만 추가로 거주할 수 없는 고가주택은 올해 안에 양도를 해야 세금 부담을 줄 일 수 있다.
또 법인이 보유한 주택을 양도할 시 추가 세율도 인상된다. 현재는 법인의 주택 양도 차익에 대해 기본 법인세율(10~25%)에 더해 추가 과세하는 세율은 10%다. 그러나 내년부터는 이를 20%로 인상한다. 사원용 주택은 제외한다.