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26일 국세청 국세통계를 분석한 결과, 과세표준 20억원 초과 주택에 적용된 2025년 귀속 개인 종부세 세액공제액은 461억원으로 집계됐다. 전년(182억원)보다 279억원(153.2%) 증가한 규모다.
과표 20억원 초과 구간의 세액공제액은 2021년 681억원을 기록한 이후 감소세를 보이다가 지난해 다시 큰 폭으로 늘면서 4년 만에 최대치를 기록했다. 증가액과 증가율 역시 2021년(468억원·220.7%) 이후 가장 높았다. 최근 고가 주택 가격 상승이 세액공제 확대에 영향을 준 것으로 풀이된다.
종부세 세액공제는 1세대 1주택자가 5년 이상 보유했거나 만 60세 이상일 경우 받을 수 있다. 보유기간에 따라 20~50%, 연령에 따라 20~40%의 공제율이 적용되며, 두 공제를 합산해 최대 80%까지 공제받을 수 있다. 거주 여부는 요건에 포함되지 않는다.
현행 제도상 1주택자는 기본공제 12억원과 공정시장가액비율 60%를 적용받는다. 이를 기준으로 계산하면 과세표준 20억원은 아파트 기준 시가 약 65억 7000만원, 단독주택 기준 약 84억 6000만원 수준에 해당하는 것으로 추정된다.
지난해 종부세 대상자는 개인과 법인을 합쳐 53만 8439명이었다. 이 가운데 과표 20억원 초과 대상은 8399명으로 전체의 1.6%에 그쳤다. 그러나 이들 가운데 1주택 요건 등을 충족한 일부는 전체 세액공제액(약 2071억원)의 22.2%를 차지했다.
지역별로는 전체 주택 종부세 세액공제의 87.9%가 서울 소재 주택에 집중됐다. 강남권 등 초고가 주택을 장기간 보유한 1주택자와 고령자에게 공제 혜택이 집중된 것으로 해석된다.
과표 20억원 초과 주택의 세액공제가 전체에서 차지하는 비중도 2024년 13.1%에서 지난해 22.2%로 9.1%포인트 상승했다.
반면 과표 20억원 초과 주택 보유자의 지난해 평균 종부세 결정세액은 5570만원으로 전년보다 1681만원(23.2%) 감소했다. 같은 기간 과표 20억원 이하 주택 보유자의 평균 결정세액은 159만원으로 1만원 늘어나는 데 그쳐 대조를 이뤘다.
과표 14억원 초과 주택으로 범위를 넓혀도 같은 흐름이 나타났다. 해당 구간의 세액공제액은 지난해 749억원으로 전년보다 327억원(77.6%) 증가해 역시 4년 만에 최대 증가폭을 기록했다. 시가 기준으로는 아파트 약 51억원, 단독주택 약 65억원 이상이 해당하는 수준이다.
주택 수에 따른 세 부담 차이도 뚜렷했다. 과세표준이 같더라도 3주택 이상 보유자는 1주택자보다 더 높은 세율과 낮은 기본공제를 적용받는다.
실제로 지난해 과표 12억원 초과~14억원 이하 구간에서는 3주택 이상 보유자의 1인당 평균 종부세가 938만원으로 1주택자보다 565만원 많았다. 과표가 높아질수록 격차는 더 벌어져 14억~20억원 구간은 1064만원, 20억~30억원 구간은 2120만원, 30억~50억원 구간은 4194만원까지 차이가 확대됐다.
이는 1주택자에게 기본공제 12억원과 최대 80%의 세액공제가 적용되는 반면 다주택자는 기본공제가 9억원에 그치고 더 높은 세율을 적용받기 때문이다. 현행 제도는 동일한 자산가치라도 ‘초고가 1주택’이 ‘다주택’보다 세 부담이 낮도록 설계돼 있어 이른바 ‘똘똘한 한 채’ 선호를 강화한다는 지적이 나온다.
정부는 종부세를 주택 수가 아닌 자산가액 중심으로 부과하는 방향의 개편을 검토하고 있다. 이 과정에서 초고가 1주택자의 장기보유 세액공제를 축소하거나 폐지하는 방안도 논의되는 것으로 알려졌다. 정부는 27일 한성숙 국무총리 주재 토론회를 거쳐 다음 달 초 세제개편안을 발표할 예정이다.





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