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특수단은 그동안 크게 △세월호 침몰 원인 △해경 구조 책임 △진상규명 방해 △증거조작 은폐 △정보기관 사찰 등으로 사건 유형을 나눠 수사해 왔다.
특수단은 “수사 결과 해경 지휘부가 승객을 구조하는 과정에서 업무상 주의 의무를 위반해 303명을 사망에 이르게 한 사실과 청와대 및 해양수산부 등 정부 관계자들이 특조위 활동을 방해한 사실을 확인해 관련 혐의자들 총 20명을 기소했다”고 밝혔다.
해당 사건은 이미 기소돼 재판이 진행 중인 것으로, 특수단은 추가적인 의혹은 혐의가 없다고 판단했다. 결과적으로 특수단은 2건의 의혹에 대해서만 기소 처분했다. 앞서 특수단은 참사 당시 부실 대응 의혹 관련 김석균 전 해경청장 등 11명을 불구속 기소했고, 이병기 전 대통령 비서실장 등 9명을 세월호참사 특별조사위원회(특조위) 특조위 활동 방해 혐의로 기소했다.
특수단은 대부분의 혐의를 ‘혐의 없음’ 결론을 내리면서도 2가지 혐의에 대해서는 관련 기록들을 특검에 인계하는 등 판단을 보류했다. 증거조작 은폐 관련 DVR(영상녹화장치) 조작 의혹에 대해 특수단은 “해군 및 해경 관계자 조사, 해군 잠수영상장치 디지털포렌식, 영상 감정 결과 분석 등 수사를 진행했다”면서 “다만, 특검 도입에 따라 추가 수사가 예정돼 있는 상태이므로 수사단의 처분을 보류하고 특검에 기록을 인계할 예정이다”고 밝혔다.
특수단은 세월호 침몰 원인과 관련한 ‘선박자동식별장치(AIS) 항적 자료 조작 의혹’에 대해선 ‘혐의 미확인’ 판단을 내렸다.