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노조는 “우주청은 지난 정권의 악행을 답습하고 항우연의 노사관계를 흔들고 있다”며 “우주청은 단체협약을 무시하고, 윤석열 정권과 같은 행태를 반복하고 있다”고 밝혔다.
노조는 또 “우주청은 항우연 종합감사 통보에서 항우연 노조 간부를 목표로, 2023년 9월 4일부터 2024년 3월 27일까지 진행한 과기정통부의 보복감사 조치를 이행하라고 요구하고 있다”며 “당시 과학기술정보통신부는 노조가 윤석열 정부의 R&D 예산 삭감과 우주청 설립안에 반대하자 206일 간 노동조합 간부들을 대상으로 보복감사했고, 본인의 연차를 썼다고 중징계, 조합 관계자 외부인 출입까지 트집 잡아 항우연 노조의 전임 위원장과 사무국장을 여섯 명이나 감사 조치를 요구했으며, 이는 정부출연연구기관에서 유례가 없는 일”이라고 지적했다.
우주항공청은 이에 대해 “이번 항우연 종합감사는 법과 원칙에 따라 진행된 적법한 절차였으며, 우주청은 항우연 노조 조합원에 대해 전수조사 등 개인정보보호법을 위반하거나 보직자 조합원의 탈퇴를 종용한 사실이 없다”고 밝혔다.
한편, 지난 2024년 조승래 더불어민주당 의원과 전국과학기술노동조합 한국항공우주연구원지부는 ‘항공우주연구원 표적·보복감사 규탄 기자회견’을 열고, 정부에 감사 처분 철회와 노조 탄압 중단을 요구한 바 있다.





