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세금 폭탄 확인...보유공제 장특공 폐지시 비거주 1주택자 양도세 최대 2.5배↑

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노희준 기자I 2026.05.12 11:50:50

국힘 이종욱 의원 국회예산정책처 의뢰
10년 보유·5년 거주 1주택자 시나리오별
보유공제 폐지시 양도세 6120만원 ↑
보유공제 폐지+거주공제 2배 상향시 3040만원 ↑

[이데일리 노희준 기자] 범여권의 ‘보유공제 폐지’ 중심 장기보유특별공제(장특공제) 개편이 현실화되면 일시적 비거주 상황이 발생한 1세대 1주택자 양도세 부담이 최대 2.5배로 늘어난다는 분석결과가 나왔다. 특히 보유공제를 폐지하고 거주공제율을 상향하더라도 일시적 비거주 1주택자의 양도세 부담 증가는 피할 수 없는 것으로 나타났다.

주 : 1) 1 세대 1 주택으로서 고가주택 ( 그 부수토지 포함 ) 에 해당하는 경우에는 전체 양도차익 중 12 억원을 초과하는 부분에 상당한 양도차익에 대하여만 과세함 2) 1 세대 1 주택에 대한 우대공제율이 폐지되더라도 , 일반적인 장기보유특별공제는 적용될 것으로 가정함 3) 양도소득세 계산 시 , 기본공제 ( 연간 250 만원 ) 은 고려하지 않음 4) 17.8.3. 이후 취득 당시 조정대상지역 내 주택은 거주기간 2 년 미만 시 1 세대 1 주택 비과세를 적용하지 않으므로 , 실거주기간이 없는 경우 양도차익 전체가 과세대상이라고 가정 자료 : 국회예산정책처 작성
12일 국회 국토교통위원회 국민의힘 간사 이종욱 의원이 국회예산정책처에 의뢰해 제출받아 발표한 ‘주택 양도가액 12억원 초과 시나리오별 산출세액 변화’ 자료를 보면, 양도가액 12억원 초과 주택을 10년 보유하고 5년 거주한 1세대 1주택자의 경우 보유공제 폐지 시 양도세 부담이 최대 6120만원(4086만원→1억206만원) 증가해 현행 대비 최대 2.5배까지 늘어나는 것으로 확인됐다. 이는 양도가액 20억원, 양도차익 10억원이 발생하는 경우를 가정한 것이다.

장특공제는 1주택자가 12억원 초과 주택을 10년 이상 보유 및 거주하고 팔면 기간에 따라 양도차익의 최대 80%(보유 40%, 거주 40%)까지 세금을 감면해주는 제도다. 양도가액 12억 원 이하 1주택자에게는 양도세가 부과되지 않는다. 12억 원 초과 주택에 대해서는 보유 기간 3년 이상부터 보유 기간별로 1년에 4%씩 공제받을 수 있다. 거주 기간은 2년 이상일 때부터 적용되며 거주 기간별로 1년에 4%씩 공제받는다.

여권 성향 최혁진 무소속 의원은 장특공제 기준에서 보유공제(최대 40%)를 폐지하고 거주공제로 합쳐 최대 80%안을 유지하는 장특공 개편안을 대표발의했다.

또 시나리오 분석에서 주택을 10년 보유하고 5년 거주한 1세대 1주택자의 경우 보유공제를 폐지하고 거주공제율을 2배로 상향(최대 80%)하더라도 세부담은 3040만원 증가(4086만원→7126만원)하는 것으로 나타났다. 결국 보유공제를 줄이고 거주공제를 높이는 방식으로 제도를 개편하더라도, 비거주 기간이 발생한 경우에는 공제율이 낮아지면서 세부담이 커진다는 분석이다.

특히 장특공제 개편 시, 주택을 오래 보유한 일시적 비거주 1주택자가 더 많은 세부담을 안게 돼 불리한 것으로도 확인됐다. 보유공제 폐지 시, 5년 보유·3년 거주한 1주택자는 양도세 부담이 3144만원(8342만원→1억1486만원) 늘어나지만, 10년 보유·5년 거주한 1주택자는 6120만원(4086만원→1억206만원) 증가하는 것으로 나타났다. 직전 각 사례에서 보유공제를 폐지하고 거주공제율을 2배로 상향하는 경우에는, 각각 1224만원(8342만원→9566만원)과 3040만원(4086만원→7126만원) 증가하는 것으로 나타났다.

다만, 실거주 기간이 전혀 없는 단순 보유자의 경우에는 장특공제를 개편하더라도 세부담 변화가 없는 것으로 나타났다. 이는 정부가 2021년부터 1세대 1주택 장특공제를 보유기간과 거주기간으로 분리해, 단순 보유자보다 실거주자에게 더 높은 공제율을 적용하는 방식으로 이미 ‘실거주 중심’ 개편을 시행했기 때문이다.

이종욱 의원은 “장특공제 개편 시, 실거주 기간이 전혀 없는 단순 보유자의 추가 세부담은 없는 반면, 실제 거주를 유지하려 노력했지만 부득이한 사유로 비거주 기간이 발생한 1세대 1주택자들은 더 큰 부담이 발생할 수 있다”고 지적했다.

이어 “정부는 ‘부모 부양이나 직장 문제 등을 입증해 비거주 여부를 판단하겠다’고 하지만, 국민 개개인의 삶의 사정을 과세 기준으로 삼아 일일이 입증하도록 하는 것이 과연 현실적으로 가능하겠느냐”며 “결국 납세자에게 과도한 입증 책임을 떠넘기고, 행정 혼선과 세금 불안만 키우는 결과로 이어질 가능성이 크다”고 밝혔다.

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