참여연대는 “법무부 장관과 검찰총장의 과도한 대립이 지속되는 사이에 검찰에 대한 민주적 통제와 검찰 수사의 정치적 중립 확보라는 한국사회의 주요 과제는 퇴색되었고 갈 길을 잃어버렸다”며 “언제까지 국민은 이러한 갈등을 지켜봐야 하는가. 대통령은 더 이상 수수방관하지 말고 문제 해결에 나서야 한다”고 말했다.
이어 “법무부가 제시한 징계 사유는 어느 것 하나 가벼운 사안이 아니다”며 “법무부의 감찰을 지속적으로 거부해온 것도 윤 총장이다. 정치적 중립을 지켜야 할 검찰총장이 연이은 정치적 행보로 주목을 받고, ‘살아있는 권력’에 대한 수사를 진두지휘해오다가 정작 자신에게 대한 감찰에는 일체 응하지 않았다”고 평가했다.
참여연대는 “결국 징계에 회부되는 작금의 사태는 그 자체로 개탄스러운 일이 아닐 수 없다”며 “윤 총장은 제기된 혐의와 의혹에 대해 국민 앞에 소상히 해명해야 한다”고 주장했다.
이와 함께 “법무부 장관이 검찰총장에 대한 징계 청구와는 별개로 검찰총장의 직무를 정지한 것은 과도하다”고 말했다. 참여연대는 그 이유로 “징계심의 결과가 확정되지 않은 상황에서 검찰총장의 직무를 정지하는 것은 검찰수사의 독립성을 훼손하는 선례를 남길 수 있기 때문이다”고 전했다. 참여연대는 “법무부는 검찰총장의 직무를 정지시켜야만 할 정도로 급박하고 중대한 사유가 있었는지 납득할만한 증거를 제시해야 한다”며 “그렇지 않다면, 징계절차와 별개로 직무집행 정지는 취소돼야 한다”고 강조했다.
참여연대는 문 대통령의 결단을 촉구했다. 참여연대는 “법무부장관과 검찰총장 간 갈등은 지켜보는 국민의 염증과 피로감은 표현하기 어려울 지경”이라며 “대통령이 뒷짐 지고 있는 것은 납득할 수 없는 일이다. 최종 인사권자이자 행정부 수반인 대통령이 결자해지의 자세로 문제를 풀어야 한다”고 밝혔다.