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특히 참여연대는 수사심의위가 검찰총장 직권으로 소집되고 논의 내용을 공개하지 않는다는 점을 들어 “여론을 무마하는 용도로 활용되고 있다는 비판을 피하기 어렵다”고 비판했다. 그러면서 “권고 권한만 가진 현행 수사심의위가 아니라 법적인 근거와 권한을 가진 기소대배심제도 등을 도입해야 한다”고 제안했다.
검찰은 수사심위의의 비공개 중심 운영에 대해 “위원명단 공개 시 사건관계인 측으로부터 사전 사후에 로비나 부적절한 접촉이 우려된다”며 “심의과정 공개 시 위원들의 자유로운 의견 개진이 위축될 우려도 있다”고 그 배경을 설명했다.
수사심의위가 검찰총장의 여론무마용이라는 비판에 대해서는 “총 10건 중 5건이 검찰총장 직권으로 소집됐다”며 “이는 전임 총장 재직 당시였다. 나머지 5건 중 3건은 사건관계인의 신청이고, 2건은 검사장의 요청에 의한 소집이었다”고 해명했다.
검찰총장이 임의적 판단에 따른 수사심의위를 운영하고 있다는 지적에 대해서는 “구속영장까지 청구된 이재용 삼성 부회장 사건에 대해 수사심의위에서 수사중단, 불기소 의견이 의결된 것만 보더라도 위원회가 자율적이고 독립적으로 운영되고 있다는 것을 보여준다”고 반박했다.
그럼에도 검찰 측은 “(시민단체의) 문제 제기를 포함해 전반적인 개선방안을 검토하겠다”고 밝혔다.