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문 대표는 신라젠의 면역 항암제 후보물질인 ‘펙사벡’의 임상시험 중단 사실이 공시되기 전 회사 내부 정보를 이용해 주식을 팔아치워 부당한 수익을 얻었다는 혐의를 받는다. 검찰은 지난 8일 문 대표에 대해 자본시장법 위반(사기적 부정거래)과 특경법상 배임죄 등 혐의로 구속영장을 청구해 12일 법원으로부터 발부받았다. 검찰은 같은 혐의로 전 신라젠 대표이사와 곽병학 전 감사를 구속기소했다.
문 대표는 자본 없이 신주인수권부사채(BW)를 인수하는 방식으로 신라젠 지분을 부당 취득했다는 의혹 등도 받고 있다.
한편 문 대표는 이러한 의혹에 대해 그동안 “자금 한 푼 부담하지 않고 거액의 주식을 부당하게 취득했다는 일각의 주장은 사실이 아니다”라며 “신라젠은 각 규제 당국이 요구하는 모든 자료에 허위 사실 없이 적법하고 투명한 과정을 통해 성장했다”고 반박했다.