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이들은 인보사 제조·판매 품목허가를 받기 위해 2016년 7월부터 2017년 7월까지 총 3회에 걸쳐 식약처에 실험결과가 삭제되거나 허위 내용이 기재된 자료를 마치 사실에 입각해 작성된 것처럼 제출하고, 식약처 담당자에게 허위로 답변한 혐의를 받았다. 또 2015년 12월부터 2018년 5월까지 한국연구재단 및 한국보건산업진흥원의 담당자들 및 평가위원들을 기망해 정부로부터 총 11회에 걸쳐 연구개발비 명목의 보조금 총 82억 1000만원을 편취한 혐의도 받았다.
이외 A씨는 인보사의 제조방법 및 효능이나 성능에 관해 거짓·과장광고를, B씨는 인보사에 대해 식약처장의 승인을 받지 아니한 채 2019년 2월부터 3월까지 임상환자 18명을 대상으로 임상시험을 했단 이유로 각각 약사법 위반 혐의도 받았다.
다만 1심에서 상고심에 이르기까지 이들의 혐의는 모두 무죄 판단했다.
1심 재판부는 식악처 심사가 소홀했다는 점을 지적하며 성분조작 관련 혐의를 무죄로 판단했다. 재판부는 “이 사건 인보사의 경우 품목허가 과정에서 식약처의 검증이 부족한 것이 아닌지 의심이 든다”며 “여러 사정을 비추어 볼 때 검사가 제출한 증거만으로 식약처가 충분한 심사를 다했는지 합리적 의심 없이 증명됐다고 보기 어렵다”고 설명했다.
2심은 검사 항소를 기각했고, 대법원 역시 “원심의 판단에 필요한 심리를 다하지 않은 채 논리와 경험의 법칙을 위반해 자유심증주의의 한계를 벗어나거나 관련 범죄 성립에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다”며 상고 기각했다.
다만 B씨가 총 7회에 걸쳐 총 175만 6198원 상당의 뇌물을 식약처 공무원에 건넨 혐의는 유죄로 인정돼 벌금 1000만원이 확정됐다.


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