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교육부에 따르면 동북아역사재단은 대사관·영사관 등 재외공관을 통해 지원 자격을 확인 하지 않은 채 일본의 시민단체 2곳에 총 3000만원의 지원금을 지급했다. 뿐만 아니라 유럽 국외단체에도 공모 절차를 거치지 않고 6600만원을 지원했다. 이 단체의 경우 재외공관을 통해 역사 또는 독도·동해 관련 정관 명시 여부 등을 확인해야 함에도 절차를 생략한 채 지원금을 지급했다.
국내 시민단체 지원과정에서도 규정을 위반한 사실이 드러났다. 최고·최저점을 제외하고 평가해야 함에도 단순 평균점수로 대상을 선정하면서 당초 5순위였던 단체가 13위로 밀려 탈락했다. 11순위였던 단체는 9순위로 올라서며 880만원을 지원받기도 했다. 더욱이 심사위원이 아닌 업무담당자가 지원 단체의 수행실적점수를 평가한 사실도 적발됐다.
김도형 동북아역사재단 이사장이 4급 연구직 직원 채용 과정에서 제자가 지원한 사실을 알고도 신고나 기피를 하지 않은 사실도 드러났다. 감사 결과 2명을 선발하는 채용에서 인사위원회가 추천한 2순위 후보자 대신 3순위였던 김 이사장의 제자가 임용됐다.
지난 2017년 국외 파견직원 선발 과정에서 선발위원회가 정한 미국 파견직원을 별다른 사유 없이 선발 취소하고 다른 직원을 일본으로 보낸 사실도 확인됐다. 또 동북아역사재단 직원들이 매월 15회 등 초과근무 일수를 임의로 정한 뒤 특근매식비를 1만42회, 총 7000만원치를 부당 수령하는가 하면, 출장 등을 통해 발생한 항공마일리지 약 2만4000마일리지를 개인적으로 사용한 사실도 적발됐다.
이번 감사를 통해 경고 40명, 주의 31명 등 71명은 신분상 조치를 받았고 기관경고 등 행정상 조치 24건, 예산 회수 등 재정상 조치 4건이 내려졌다. 아울러 교육부는 국외 시민단체 부당 지원, 시민단체 지원사업 심사 부당 등 2건에 대해서는 업무방해 혐의로 수사의뢰 했다.
