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감사단은 대선 사전투표관리에 대한 중앙선관위의 정책과 위기대응 전반, 사전투표관리 의사결정 과정의 적정 여부 및 관련 공무원의 책임 유무 등을 중점 감사했다. 그 결과 사전투표 관리부실은 △폭증하는 코로나19 격리자 등의 투표수요 예측 부실 △종전 임시기표소 투표방식에 안주한 정책 판단 오류 △내부 의사결정 과정의 비합리성 △관계기관 협업 미흡 △인사·감사 기능의 구조적 제약 등 내·외부의 여러 가지 요인이 복합적으로 작용한 것이라는 결론을 내렸다.
내·외부위원(내부 2인, 외부 3인)으로 구성된 중앙선관위 징계위원회는 공직선거 절차 사무를 총괄 관리하는 선거정책실의 핵심 간부로서 관련 업무를 부당하고 부적정하게 처리한 전(前) 선거정책실장에게 정직3월, 전 선거국장에게 정직2월의 중징계를 의결하고, 실무부서장인 선거1과장은 불문경고 의결하였다.
다만 당시 사무차장이었던 박찬진 사무총장은 사무총장을 보좌하는 정무직공무원임을 고려해 중앙위원회 전체 회의에서 엄중 경고했다. 김세환 전 사무총장의 경우 당시 정책결정 및 조직운영의 최고 책임자로서 사전투표 부실 관리에 대한 정무적 책임을 지고 사퇴한 바 있다.
한편 중앙선관위는 7월부터 11월까지 운영한 ‘조직 및 인사제도 개선 연구반’ 운영 결과를 토대로 선거관리 기능·역량 강화 중심의 조직개편안을 마련하여 내년 1월부터 전면 시행할 예정이다. 감사부서를 사무처에서 독립해 중앙위원회에 두고 위원장의 지휘를 받도록 하는 내용과 선거 실무부서인 선거국을 선거1국, 선거2국 체제로 확대 개편해 선거관리 기능을 강화하고 전문성을 높이는 것이 주된 내용이다.
아울러 중앙선관위는 국민의 정치적 표현의 자유 보장과 선거운동의 자유 확대, 선거관리의 공정성·투명성 강화를 위한 절차사무 합리화 등의 제도 개선을 골자로 하는 공직선거법 개정의견을 마련하고 있다. 지난 선거에서 나타난 절차사무 제도의 문제점을 개선하기 위해 각계 의견을 수렴하는 등 심도 있는 검토와 논의를 거쳐 공직선거법 개정의견을 국회에 제출할 예정이다.