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당시는 자유한국당이 정부와 검찰을 엮어 정치보복성 수사를 강하게 항의하는 분위기였고, 보수야권은 박근혜 전 대통령 탄핵 수사를 맡았던 윤 전 총장에 대해서도 적대하는 분위기였다.
윤 전 총장은 “(자유한국당) 이놈들이 막 떠들긴 하는데 내용이 없다. (정부의) 내성만 키우고 있다”며 야권 비방을 평가절하했다.
그는 “앙꼬가 없다, 앙꼬가. 앙꼬 없는 거 두드리다 결국 내성만 키우고 있다. 이 정부 들어와 우리가 국정원이나 이런 데 직권남용으로 처벌한 것을 두고 무슨 과거 정권에 대한 보복이라고 하는데, 정권을 잡았는데 보복할 게 뭐가 있느냐“고도 말했다.
윤 전 총장은 사법농단 관련 수사에 대해서도 ”내가 뭐 양승태한테 원한 질 일 있냐. 지들이 재판을 개떡같이 해놓으니까 여기까지 온 거다. 보복할 게 없다. 정보정치, 공작정치 이런 거 나는 옛날부터 다 없애라고 했다“며 정치 보복 수사와 자신은 무관하다고 강조했다.
윤 전 총장은 검경수사권 조정에 대해서는 검찰에 기운 인식을 보여주기도 했다. 그는 ”나는 관심 없는데, 경찰청 정보국 하는 일은 폐지시키라 이거다. 범죄정보, 치안정보, 경비정보 이런 거만 하고. 정치정보 이런 걸 왜 치안기관이 맡나. 현 정부 포함해 앞으로 이런 일 하면 교도소 간다는 걸 보여줘야지, 말로만 하면 소용없다“고 주장했다.