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이 중 이용구 차관과 김태훈 과장은 연루 의혹을 강하게 부인한 상태다. 당시 법무부 검찰과거사위원회 위원이자 법무부 법무실장이었던 이 차관은 김 전 차관 출금 아이디어를 처음 낸 인물로 알려졌다. 법무부 과거사위에서 이 사건 주무위원이었던 김용민 변호사(현 더불어민주당 의원)는 당시 라디오 방송 등 인터뷰를 통해 “이용구 실장으로부터 김 전 차관에 대한 출국 금지 필요성이 있고, 조사단에서 위원회에 출국 금지를 요청하면 위원회가 (법무부에) 권고하고 법무부가 출국 금지를 검토하는 방안을 상의하자는 연락을 받았다”고 말했다.
이에 대해 이 차관은 지난 13일 입장문을 통해 “김 전 차관이 출국할 것에 대한 국민들의 우려가 커지자, 신속히 출국을 막을 필요성과 재수사 필요성을 법무부 과거사위에서 권고하는 방안을 언급한 것 뿐이었다”며 “실제 출금을 요청하는 수사 기관의 소관 부서나 사건 번호 부여 등 구체적인 절차에 대해서는 잘 알지 못했고, 관여할 수도 없었다”고 반박했다.
이 차관은 지난 1994년부터 2013년까지 판사로 재직했다. 2010년부터 2013년까진 사법연수원 교수도 지냈다. 청와대는 지난달 이 차관을 내정하면서 “법률 전문성은 물론 법무부 업무 전반에 대한 이해도가 매우 높다는 평가를 받아 왔다”고 내정 사유를 밝혔다. 이 같은 배경을 가진 이 차관이 법무부의 소관인 출입국관리의 절차에 대해 잘 몰랐다는 입장을 낸 셈이다.
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김 과장은 지난 14일 발표한 입장문에서 “긴급 출금 조치가 긴박했던 상황에서 당시 과거사 진상조사단원 검사에게 연락해 협조를 구할 지에 대해 주무 과장으로서 소속 연구관에게 의견을 구한 것은 사실이지만 부정적인 검토 의견을 보고 받은 후 어떤 연락도 취하지 않았다”며 “지금 논란이 되고 있는 사건 번호 문제나 소속 검사장의 사후 승인 등과 관련된 사항을 알지 못하며 이에 관여한 바도 없다”고 주장했다.
대검 검찰개혁위원회 위원을 지낸 김종민 변호사는 두 사람의 해명에 대해 “현 시점에서 사실 관계를 단정하긴 어렵다”며 “과연 어디까지 연루됐고 누가 지시했는지에 대해선 수사로 밝혀야 할 부분”이라고 설명했다. 그러면서도 출금 과정에 대해선 “명백한 불법”이라고 강조했다.
한편 대검은 지난 13일 김 전 차관 불법 긴급 출금 의혹 사건을 기존 수원지검 안양지청에서 수원지검 형사3부로 재배당했다. 이는 대검이 수사 의지를 보인 것으로 평가되고 있다. 이정섭 형사3부장 포함 검사 5명을 투입하면서 수사가 속도를 낼 전망이다.