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이 전 차장은 원세훈 전 국정원장과 공모해 3차장 산하 ‘특명팀’과 대북공작국 직원을 활용해 노무현 전 대통령 부인 권양숙 여사의 중국 방문, 박원순 전 서울시장의 일본 방문 때 미행·감시하도록 한 혐의를 받았다. 특명팀은 이들의 해외 방문 때 북한인사 접촉 여부 등을 파악했다. 이와 함께 친노성향 연예인 문성근씨에 대한 사찰을 지시한 혐의도 받았다.
이 전 차장은 대북공작금의 일종인 가장체 수익금을 김대중 전 대통령의 비자금 추적 사업인 ‘데이비슨 사업’, 노무현 전 대통령 측근 금품수수 의혹 관련자의 국내 송환 사업 ‘연어 사업’ 등에 사용한 혐의도 받았다.
재판부는 이 전 차장에 대해 데이비슨 사업으로 인한 국고 손실 4억 7900만원과 미화 1만달러, 연어사업으로 인한 업무상 횡령 8만 5000달러만 유죄로 인정했다.
재판부는 “이 사건은 국정원의 예산 집행이 외부 감사 되지 않는 구조에서 국정원이 국가수호라는 본래사명에서 벗어나, 정권수호를 한 일련의 범죄행위다”고 말했다. 이어 “3차장에 부임해 데이비슨 사업의 보고를 받고 주관하며 국정원 직무범위에 속하는 활동이 아니라는 걸 충분히 의심할 수 있었음에도 국정원장 지시를 받아들여 여러차례 걸처 국정원 수익금을 위법하게 사용했다”고 덧붙였다.
야권 인사의 미행, 감찰 등 행위에 대해서는 “검사가 제출한 증거만으로는 범죄 증명을 하기 어렵다”며 무죄로 판단했다.
이와 함께 데이비슨·연어사업 연루와 이석현, 박지원 전 의원 보좌관의 PC를 해킹하는 등 국가정보원법위반 혐의로 함께 재판을 받은 김승연 전 대북공작국장은 무죄를 선고받았다.
한편, 이 전 차장은 지난 8월 이명박 정부 시절 원세훈 전 국정원장과 공모해 민간인 댓글부대 운용에 국가정보원 예산을 불법 사용한 혐의로 넘겨진 서울고등법원 형사13부(재판장 구회근) 재판에서 징역 2년을 선고 받고 법정구속됐다.