센터는 해운법에 따라 해양수산부 지정을 받아 한국해양진흥공사와 선주협회가 운영하며 해운시장에서의 불공정 및 과당 경쟁을 방지하고 공정한 시장 경쟁질서를 확립하고자 외항선사와 화주의 불공정행위를 신고받는다.
외항선사의 불공정행위로는 △운임 및 요금 미공표 △공표 및 신고 운임 미준수 △운임 및 요금 관련 리베이트 제공 △운송계약 불이행 △화주별 차별적인 운임 설정 등이, 화주의 불공정행위로는 △공표 및 신고 운임 미준수 △운임 및 요금 관련 리베이트 요구 △부당한 입찰 유인 및 강제 △운송계약 불이행 △타선사의 입찰단가 노출 등이 각각 있다.
이들 불공정행위는 누구든 센터에 선주협회 홈페이지나 전화, 우편, 이메일 등을 통해 신고할 수 있다.
해양수산부는 관련 자료를 제출 받아 사실관계를 조사하고, 필요하다면 선주와 화주의 사업장 등을 방문하기도 한다.
위법 사실이 확인되면 관련법에 따라 과태료·과징금을 부과하고 고발 등 조치하고, 위법이 아니더라도 해상운송 시장의 건전한 발전을 해칠 우려가 있다고 인정되면 변경·조정 명령 등이 이뤄질 수 있다.
김영무 선주협회 상근부회장은 “해운거래 불공정행위 신고센터가 해운시장의 불공정행위를 방지하고 시장 안정화에 기여할 것으로 기대한다”며 “이를 통해 외항선사와 화주기업 간 상생방안 마련에도 많은 노력을 기울여 나가겠다”고 강조했다.