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이에 이 총장은 “저는 검찰총장으로써 이 사건이 참 중요한 사건이라 판단하고, 일선청에서도 철저히 수사하도록 이미 당부와 지시를 한 상황”이라고 밝힌 뒤, 자신이 제주지검장, 대검 차장 시절 과거 권위주의 시절 국가 권력에 의한 인권침해사건 진상규명 및 재심을 지시한 사실을 언급했다.
이 총장은 “현재 검찰은 권위주의 정권이 북한으로 월선했던 어민들을 간첩으로 몰아 처벌한 것들을 재심으로 바로 잡고 있다”며 “이 사건은 2년 전까지만 하더라도 공무원이었던 이대준 씨가 자진 월북한 것으로 돼있었다”고 짚었다.
그는 이어 “이대준 씨가 월북했다고 하면 국가보안법위반 탈출죄나 간첩죄에 해당할 수 있는 것”이라며 “명확한 근거 없이 우리 국민을 국가보안법위반사범, 간첩이라고 하는 것은 권위주의정권 시대가 했던 것이다”고 지적했다.
그러면서 “2020년에 국가가 국민의 생명을 지켜주지 못한 사건이 벌어졌는데 우리가 (월북으로)단정 하는 것은 유족들이나 국민들에게 굉장히 큰 상처가 될 수 있다”며 “사실관계를 명확하게 규명하고 어느 부분까지 공직자로서 책임을 물어야 할지 심각하게 고민하겠다”고 강조했다.