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이에 기초연구연합은 “기초연구사업은 연구자들이 신진-중견-리더연구자로 발전하도록 설계된 사업으로 연구자들의 성장 사다리 역할을 해왔다”며 “기초연구사업은 타 연구사업들에 비해 연구비 대비 국제 논문, 특허출원, 기술료에서 우수한 성과를 창출함으로써 R&D 효율성도 입증됐다”고 반발했다.
기초연구연합은 해당 사업의 예산 삭감과 구조조정이 단행된다면 △1억원 미만 연구과제에 대한 신규지원 중단 △비전임 연구자를 지원하던 창의도전사업의 신규지원 중단 △계속과제의 연구비 10~40% 삭감△주요기초연구 사업에 국제협력사업(글로벌) 획일적 추진 등의 문제가 발생할 것으로 우려했다.
나아가 기초연구연합회는 국회에 △기초연구사업 연구비 예산 삭감 철회 △기초연구사업 포트폴리오의 급속한 변경을 재고하고 지속적 연구가 가능한 정책 수립 △기초연구비의 안정적인 확보를 위한 법적 제도 마련 등을 요구했다.
한편 기초연구연합에는 대한구강생물학회, 대한기초의학협의회, 대한기초치의학협의회, 대한면역학회, 대한생리학회, 대한약학회, 대한지질학회, 대한화학회, 생화학분자생물학회, 한국결정학회, 한국기상학회, 한국구조생물학회, 한국뇌신경과학회, 한국단백질학회, 한국동물분류학회, 한국미생물학회, 한국생물과학협회, 한국생물물리학회, 한국생명정보학회, 한국생태학회, 한국식물학회, 한국우주과학회, 한국유전학회, 한국조류학회, 한국유전체학회, 한국지구과학회, 한국통합생물학회 등이 소속됐다.
