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환경부는 식수원의 조류 유입을 방지하기 위해 취수구 주변에 조류차단막을 설치하고 취수구를 중층 이하 수심으로 이동하해 조류 유입을 최소화했다. 또 활성탄, 염소처리 등의 과정을 거쳐 조류독소를 99% 이상 제거하고 있다.
아울러 남조류의 먹이가 되는 인(P)을 줄이기 위해 한강, 낙동강 지역 44개 하·폐수처리시설에 대해 녹조 발생기간 동안 오염물질 처리기준을 강화했다.
환경부는 국무조정실, 국토부 등 관계부처와 함께 녹조대응 TF를 운영하는 등 비상체계를 상시 가동 중이다.