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자동차세는 은행에 직접 방문해 납부 할 수 있으며, 지방세납부시스템인 위택스, 온라인 계좌이체, ARS를 통해 공휴일과 야간에도 납부가 가능하다. 행안부는 6월부터 자동차세 문의가 증가할 것에 대비해 정부민원 콜센터(110번) 외에 전용콜센터를 운영 중이다.
납세자는 자동차세 고지서를 받으면 감면, 공제 금액이 반영됐는지 확인하고 이상이 있을 경우 시·군·구 세정과 등 관할 과세관청에 문의하면 된다. 장애인, 국가유공자, 자동차매매업자 매매용 차량은 자동차세가 100% 감면되고, 보훈대상자는 50% 감면 받을 수 있다.