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셀트리온제약과 세무당국 간 갈등은 2009년 셀트리온이 한서제약을 인수해 셀트리온제약과 흡수합병한 이후 불거졌다. 당시 셀트리온은 기업회계기준에 따라 한서제약의 순자산 공정가액 약 353억원과 합병대가 635억원의 차액 282억원을 회계장부에 영업권으로 계상했다. 영업권은 기업 브랜드 가치와 영업 노하우 등 무형적 재산가치를 말한다. 셀트리온제약은 이후 법인세 신고 시에는 이 금액을 익금(법인의 순자산을 증가시키는 거래에 의해 생긴 수익)에 산입하지 않았고 감가상각 손실 처리하지도 않았다. 해당 영업권은 회계처리를 위한 것으로, 가치평가를 통해 재산적 가치를 인정받은 감가상각자산인 ‘세법상 영업권’에는 해당하지 않는다고 봤기 때문이다.
반면 세무당국은 이 영업권 282억원이 합병평가차익에 해당한다고 간주하고 2015년 셀트리온제약에 가산세를 포함한 법인세 99억9155억원을 부과했다. 셀트리온제약이 한서제약의 의약품 연구개발 능력, 영업망, 기술 인력 등을 이용해 초과수익을 누릴 수 있겠다고 보고 합병대가를 산정했다는 것. 이에 셀트리온제약은 2016년 10월 소송으로 맞섰다.
현재 상황은 셀트리온제약에 유리하다. 1심 재판부는 영업권의 세법상 자산 인정 요건을 갖췄다고 볼 수 없다며 셀트리온제약 손을 들어줬다. 재판부는 “셀트리온제약이 한서제약의 영업상 비밀 등을 초과수익력 있는 무형의 재산적 가치로 인정해 사업상 가치를 평가해 대가를 지급했다고 보기 어렵다. 한서제약 흡수합병은 안정적인 사업 기반 조성이 우선 목적이었던 것으로 보인다”고 2018년 8월 판단했다. 같은 해 9월 세무당국은 항소했지만 지난 7월 항소심 재판부도 원심 판단을 유지하는 결정을 내렸다. 이후 세무당국이 상고해 긴 다툼을 이어가게 됐다. 상고심은 법률심이기 때문에 판결에 대한 법리적인 잘못이 없는 한 원심 판결이 확정된다.
이동찬 더프렌즈법률사무소 대표변호사는 “심리불속행 기간 도과 결정으로 (원고, 피고의) 유불리를 따질 수는 없다. 다만 본안을 살펴보게 됐기 때문에 언제 재판이 끝날지 알기 어렵다. 길어질수록 승소해도 판결이 늦게 나와 아쉽고, 패소하면 상고 비용이 느는 점이 부담일 것”이라고 했다.
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당시 세무당국은 “기업회계기준에 따라 회계장부에 영업권을 계상한 경우는 곧 세법상으로도 영업권에 대한 평가가 있었다고 보고 합병평가차익으로 과세돼야한다”며 “합병대가가 피합병법인이 보유하던 순자산가액을 초과하면 그 차액을 세법상 영업권에 대한 대가로 봐야 한다”고 주장했다. 그러나 3심 재판부는 “기업회계기준에 따라 영업권이 산출된다는 것만으로 사업상 가치평가 여부를 추단할 수 없다”며 과세요건을 갖추지 못했다고 판시했다.
이에 대해 셀트리온제약 관계자는 “진행 중인 사안이라 회사가 특별히 언급할 수 있는 부분이 없다”고 답했다.
