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조 전 장관은 2017년 7∼8월 당시 천해성 통일부 차관과 함께 임기를 약 1년 남긴 손광주 전 북한이탈주민지원재단(현 남북하나재단) 이사장의 사퇴를 종용했다는 의혹을 받는다. 검찰은 지난 7월 통일부와 남북하나재단을 압수수색하는 등 본격 수사에 착수했다.
문재인 정부 블랙리스트 의혹은 집권 첫해 일부 부처가 박근혜 정부 당시 임명된 국책연구기관장과 산하 공공기관장들에게 사표 제출을 강요했다는 내용이다. 2019년 1월 현재 국민의힘(당시 자유한국당)은 ‘블랙리스트 의혹’을 제기하며 주요 부처 장·차관 등 11명을 검찰에 고발했다.

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