방첩사는 비상계엄 당시 핵심 기관으로 지목됐다. 여인형 방첩사령관(중장)은 지난 3월말~4월초 삼청동 대통령 안전 가옥에서 윤석열 대통령과 김용현 당시 대통령경호처장, 신원식 당시 국방부 장관(현 국가안보실장), 조태용 국가정보원장 등과 만나 비상계엄을 암시하는 대화를 나눈 것으로 파악됐다.
또한 방첩사는 비상계엄 당시 우원식 국회의장, 이재명 더불어민주당 대표, 한동훈 당시 국민의힘 대표 등 주요 인사 10여명에 대한 체포조를 운영하고, 이들을 수도방위사령부 B1 벙커 구금시설로 이송하려 한 혐의를 받고 있다. 중앙선거관리위원회 서버 반출을 위해 요원들을 출동시킨 정황도 포착됐다.
한편 검찰 비상계엄 특별수사본부(본부장 박세현 서울고검장)는 이날 여인형 방첩사령관과 이진우 수도방위사령관(중장)을 내란 중요임무 종사 및 직권남용 혐의로 구속 기소했다. 검찰은 앞서 지난 9일에도 서울과 과천 소재 방첩사 사무실 등을 압수수색한 바 있다.
공수처는 전날 윤석열 대통령에 대해 내란 수괴 및 직권남용 혐의로 체포영장을 청구해 발부받았으며, 구체적인 집행 시점은 경찰과 협의 중이다.