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CVC의 경우 유전자를 상업화에 유리하고, 자유롭게 프로그래밍이 가능한 크리스퍼 캐스9 유전자가위 시스템을 최초로 제안한 특허라는 점에서 강점을 가지고 있다. 하지만 2012년 5월 출원 내용은 원핵세포에 대한 시스템이며, 진핵세포가 아니다. 2012년 12월 브로드연구소의 특허는 CVC 특허에 누락된 인간 및 동식물 등의 진핵세포에서 크리스퍼 캐스9 유전자가위를 작동시키기 위한 여러 장치들이 포함됐다.
툴젠은 시니어파티 지위를 확보하면서 저촉심사에서 유리한 위치를 차지하고 있다. PTAB 저촉심사 과정에서 각 당사자에게 시니어파티(Senior Party)와 주니어파티(Junior Party)라는 지위를 부여한다. 발명일이 객관적(출원일)으로 앞서 있는 당사자에게 시니어파티, 늦은 당사자에게는 주니어파티 지위를 부여한다. 주니어파티는 자신의 발명일이 시니어파티보다 빠르다는 것을 입증해야 할 책임이 있다. 통계적으로 시니어파티가 저촉심사에서 최초의 발명자로 인정될 확률이 75% 이상으로 높다.
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창업주 김진수 기초과학연구원(IBS) 유전체교정연구단장은 형사 재판 2심과 3심이 남은 상태다. 서울대에 재직하던 지난 2010년부터 2014년까지 한국연구재단에서 29억여원을 지원받아 개발한 유전자 가위 관련 특허기술 3건을 툴젠 연구성과로 꾸민 혐의로 재판에 넘겨졌다. 검찰은 또 서울대와 IBS에서 근무하면서 발명한 유전자 가위 관련 특허기술 2건에 대해 직무발명 신고를 하지 않은 채 자신이 공동 창업한 툴젠 명의로 이전한 점과 서울대 교수로 재직하며 재료비 외상값을 IBS 단장 연구비용 카드로 결제했다는 혐의도 적용했다. 하지만 1심 재판부는 공소사실을 유죄로 볼 증거가 없다고 판단하며 김 단장의 손을 들어줬다.
최대주주였던 김 단장의 형사 재판 리스크는 최대주주에 제넥신이 오르면서 해소된 상태다. 지난 2019년 제넥신이 지분 교환을 통해 통해 2020년부터 툴젠의 최대주주(지분 16.64%)에 올랐다. 오는 12월 상장 이후 지분은 제넥신 14.26%, 김 단장 8.67%가 될 예정이다. 제넥신은 상장일부터 3년까지 한국예탁결제원에 의무예탁, 김 단장은 자발적으로 3년간 의무보유한다.