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박 사무총장과 송 사무차장은 자녀가 지방 공무원으로 근무하다가 각각 2022년, 2018년에 선관위 경력직 공무원으로 채용된 사실이 알려지면서 특혜 채용 논란이 일었다. 이 밖에도 김세환 전 사무총장과 제주 선관위 신우용 상임위원 등의 자녀도 경력직으로 채용되는 과정에서 특혜가 있었던 것 아니냐는 의혹이 제기됐다.
선관위는 “사무총장·차장의 사퇴와 상관없이 현재 진행 중인 특별감사 및 자체 전수조사를 통해 전·현직 공무원의 자녀 채용 관련 진상을 철저히 규명하고, 그 결과에 따라 징계 또는 수사 요청 등 합당한 모든 조치를 취하기로 했다”고 밝혔다.
중앙선관위 서버가 북한의 8번의 해킹 공격을 받았는데, 국가정보원이 이와 관련해 보안점검을 실시하자고 했으나 선관위가 이를 받아들이지 않았다는 내용의 논란에 대해서도 철저한 조치를 약속했다. 이미 합의한 선관위 정보보안체계에 대한 국가정보원, 한국인터넷진흥원(KISA) 등 외부기관과의 합동 보안컨설팅 절차도 신속하고 차질없이 진행하겠다고 선관위는 밝혔다.
선관위는 “투명하고 공정한 절차에 따라 후속 사무총장·차장 후임자를 인선해 조속히 조직을 안정시키겠다”며 “공정하고 중립적인 선거관리라는 헌법적 책무를 수행하기에 충분한 능력과 도덕성을 갖출 수 있는 헌법기관으로 거듭나기 위하여 필요한 모든 개혁 조치들을 지속적으로 단행함으로써 내년 실시하는 제22대 국회의원선거를 차질 없이 준비하겠다”고 했다.