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‘간첩 조작 사건’은 국정원이 유씨의 국가보안법 위반 사건 재판 과정에서 증거를 조작한 사실이 드러난 사건이다. 2004년 한국에 입국해 탈북자 신분으로 지내며 서울시에서 공무원으로 근무 중이던 유씨는 국내 탈북자들 정보를 북한 국가안전보위부에 넘겨줬다는 혐으로 기소됐다가 대법원에서 무죄가 확정된 바 있다.
검찰 조사에 따르면 논란 당시 서 전 차장 등 국정원 직원들은 증거 조작에 대한 비난이 커지자, 유씨 재판에서 나온 탈북자 A씨의 비공개 증언과 탄원서를 언론에 흘렸다. A씨의 비공개 증언이 북한에 유출됐는데, 국정원 직원들이 공모해 유씨가 해당 증언을 북한에 넘긴 것처럼 보이게 했다고 검찰은 판단했다.
1심 재판부는 이들의 혐의를 유죄로 판단해 서 전 차장에게 징역 1년, 이 전 국장과 하 전 대변인에게 각 징역 10월에 집행유예 2년을 선고했다.
그러나 2심은 이들 모두에게 무죄를 선고했다. ‘서 전 차장이 누설행위를 지시했다고 전해 들었다’는 취지의 관련자들 진술에 증거 능력이 없고, A씨 증언과 탄언서를 국정원직원법상 ‘비밀’에 해당한다고 보기 어렵다는 판단이다.
검찰 측 상고로 진행된 상고심에서 대법원은 원심이 법리를 오해한 잘못이 없다며 상고를 기각했다.