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재판부는 “방송통신위원회는 이 처분으로 인해 달성하려는 공익과 원고가 얻게 되는 불이익뿐만 아니라 방송의 자유 내지 언론기관의 공적 가치에 대한 침해까지 함께 비교 교량 했어야 했다”며 “심의위원회 과정에서는 이 사건 처분 사유에 해당하는 비위 행위에 대해서 조사한 결과나 원고에 대한 청문 및 의견 청취 절차에서 원고가 소명한 내용 등이 주로 검토됐을 뿐 방송의 자유 내지는 언론기관의 공적 가치나 역할에 대한 논의는 이뤄지지 않은 것으로 보인다”고 판단했다.
이어 “(원고의 행위가) 방송사업자를 선정하고자 하는 심사 업무에 영향을 미친 부정한 행위에 해당한다고 하더라도 언론기관으로서 사회적 기능을 본질적으로 훼손했다고 보기는 어렵다”며 “방송을 하는 과정에서 저지른 지탄의 대상이 되는 행동은 아니기 때문에 모든 정도를 고려할 때 원고가 입게 될 불이익을 적정히 비교 부담해 이뤄진 것이라고 보기는 어렵다”고 적시했다.
그러면서 “피고의 처분은 직간접 영향을 고려하면 영업정지라는 외관에도 불구하고 실질적으로는 영업취소에 이르는 결과를 초래할 우려가 크다고 보여진다”며 1심 판결을 뒤집고 매일방송 측의 손을 들어줬다.
한편 방통위는 2011년 MBN 개국 당시 매일방송 측이 직원 명의 차명 대출을 받고 법인 주식을 구매하는 등 자본금을 편법으로 충당했다며 2020년 11월 업무정지 6개월 처분을 내린 바 있다.