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지난 2009년 8월 7일 셀트리온제약은 635억원을 주고 한서제약을 인수해 합병 등기를 마쳤다. 당시 셀트리온제약은 한서제약 순자산(353억원)과 합병 금액간 차액인 282억원을 회계장부에 ‘영업권’으로 기입했다.
영업권은 같은 사업을 하는 다른 기업에 비해 초과수익을 올릴 수 있는 미래의 재산적 가치를 말한다. 다시 말해, 예상할 수 있는 경영상 유리한 조건을 경제적 가치로 나타낸 권리다. 우수한 경영 능력, 영업비밀, 각종 인허가 등 법률상 지위 등이 포함된다.
과세당국은 2015년 3월 24일 해당 영업권에 대한 법인세 100억여원을 셀트리온제약의 2009년 사업연도 법인세로 부과했다. 셀트리온제약이 한서제약의 영업상 비밀 등을 미래 초과 수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 평가해 합병대가를 산정했다고 봐서다.
셀트리온제약은 이 영업권이 한서제약의 사업상 가치를 평가해 승계한 것이 아니라 순자산 공정가액과 합병신주 발행가액의 차이를 회계상 영업권으로 계상한 것에 불과하다고 맞섰다.
1심은 셀트리온제약의 손을 들어주며 법인세 100억여원 취소 판결을 했다.
1심 재판부는 “원고가 회계장부에 영업가액으로 계상한 282억원은 기업회계기준에 따른 걸로 보인다”며 “한서제약의 영업상 비밀 등을 초과수익력 있는 무형의 재산 가치로 인정해 대가를 지급한 걸로 단정하기 어렵다”고 봤다.
이에 과세당국은 항소했지만 2심 재판부는 항소를 기각했다.
이어진 상고심에서 대법원 역시 “세법상 영업권, 신의성실의 원칙에 관한 법리 오해 등의 잘못이 없다”며 상고를 기각했다.