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하지만 해당 세액공제 제도는 연구·인력개발 활동 여부, 공제대상 비용 범위에 대해 납세자와 과세관청 간 이견이 종종 발생한다. 세액공제가 잘못 신고된 것으로 확인되면 공제받은 세액은 물론 가산세까지 추징될 수 있어 납세자의 세무 불확실성이 크다는 지적을 받았다.
이에 국세청은 연구·인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국인을 대상으로 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해 주는 제도를 2020년부터 시행 중이다. 시행 첫해인 2020년 1547건이던 사전심사 신청건수는 지난해 2439건으로 증가했다.
사전심사를 받은 납세자는 결과에 따라 신고하면 신고내용 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외된다. 또 추후 심사결과와 다르게 과세처분 되더라도 과소신고가산세가 면제되는 혜택을 받는다.
심사는 △서류확인(보완요청) △서면심사(기술·비용검토) △현장확인(필요시) △검토보고서 작성 △결과통지 순으로 진행된다. 국세청의 심사결과에 이의가 있는 경우 1회에 한하여 재심사 요청도 가능하다.
사전심사는 연중 상시 신청할 수 있으며, 법인세(소득세) 신고기한 전까지 통지받은 심사결과는 즉시 반영 가능하다. 또 법인세 신고 후에도 세액공제 신고누락분에 대해 경정청구, 수정신고, 기한후신고 이전까지는 사전심사를 받을 수 있다.
신청을 원하는 경우 연구·인력개발비 사전심사 신청서, 연구개발 보고서, 연구개발비 명세서, 그 밖의 공제대상 연구·인력개발비임을 증명하는 서류를 제출해야 한다. 올해는 우편·방문접수만 가능했던 보완서류를 홈택스를 통해 제출할 수 있다.
국세청 관계자는 “사전심사 진행 상태를 신청자가 조회할 수 있는 전산화면을 개발하는 등 편의성이 강화했다”며 “사전심사 제도를 통해 기업의 연구·인력개발 활동을 지원하고 있으니 적극 신청해 달라”고 당부했다.
