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정부는 일본의 이 같은 조치에 대해 방역 외에 다른 의도가 있다고 보고 있다. 코로나19 사태로 위기 상황을 겪고 있는 아베 신조 일본 총리가 정치적 의도를 갖고 한국에 대한 입국 제한 조치를 강화한 것 아니냐는 시각이다. 현재 일본에서는 최근 코로나19 사태에 대한 정부의 안일한 대처 등으로 정부 불신과 더불어 아베 총리에 대한 여론이 악화되고 있다.
이번 일본 조치에 6일 정부는 강력 반발하는 등 즉각 대책 마련에 나섰다. 이날 청와대는 국가안전보장회의(NSC) 상임위를 소집하고 정의용 국가안보실장 주재로 일본 정부의 조치에 대해 논의했다. 정세균 국무총리 역시 이날 코로나19 중앙재난안전대책본부 회의에서 일본의 조치에 대해 “매우 유감스럽게 생각하며, 이런 과도하고 불합리한 조치를 즉각 철회하라”면서 “우리 정부도 적절한 대응조치를 강구할 것”이라며 덧붙였다.
외교부 또한 전날 오후 소마 히로히사 주한 일본대사관 총괄공사를 외교부 청사로 불러 유감과 항의의 뜻을 표한데 이어 심야 대책회의를 열고 향후 대응 방안을 논의한 것으로 전해진다. 이날 오후에는 조세영 1차관이 도미타 고지 주한 일본대사를 초치해 재차 항의 표시를 할 예정이다.
현재 거론되고 있는 대응 조치로는 여행경보 격상, 코로나19오염지역 확대를 포함해 맞대응 성격의 무비자 입국 중단이나 일본발 외국인에 대한 격리 조치 등이다. 하지만 대응 수위를 놓고 논란이 많다. 그동안 100곳에 달하는 국가들이 입국제한 조치를 내렸지만 상응 조치를 내린 적이 없다는 점에서 형평성 논란은 물론, 감정적 대응이라는 지적이 제기될 수 있다. 특히 강제징용 피해자 보상문제와 수출 규제 등으로 불거진 한일 갈등이 재차 심화될 수 있다는 우려도 있다.
일본은 지난달 27일부터 대구·청도를 방문한 외국인들에 대해 입국을 제한했다. 하지만 오는 9일부터는 한국인에 적용하고 있는 90일 이내 무비자 입국을 중단하고, , 이미 발급한 단수·복수 사증 효력도 정지하기로 했다. 이어 한국을 방문 후 입국한 외국인을 대상으로 14일간 지정 장소에 대기토록 하고, 항공 여객편 도착 공항 역시 나리타공항과 간사이공항으로 제한하기로 했다. 현재 우리나라는 일본 전 지역에 대해 여행경보 1단계(여행유의)를 발령한 상태다.

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