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먼저 1차장은 외교·안보 분야 현안과 안보실 정책 전반을 조정·관리하며, 국가안전보장회의(NSC) 사무처장을 겸직한다.
2차장은 국가 위기관리 체제를 상시 가동하는 한편, 국방정책 현안을 관리하며, 3차장은 경제 안보·과학기술·사이버 안보를 포함한 신흥 안보 업무를 맡는다.
특히 기존 1차장 산하에서 공급망·수출통제·원전 등을 담당하던 경제안보비서관실은 추가로 과학기술 안보 업무를 맡아 3차장 산하로 이관되며, 2차장 산하에 있던 사이버안보비서관실도 3차장실로 옮긴다.
신임 3차장에는 왕윤종 현 경제안보비서관이 내정됐으며, 조만간 임명될 것으로 보인다.