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행정처는 “만일 수사기관인 경찰의 과잉 수사나 부실 수사 등의 위험을 적절히 통제할 수 없게 되면, 이는 결국 수사와 기소를 최종 통제하는 법원의 공판 과정에도 영향을 미쳐 ‘공판을 통한 정의 실현’에 부정적 요소로 작용하게 될 것”이라고 꼬집었다.
행정처는 구체적인 개정안 조항마다 문제점을 짚었다.
검찰의 직접 수사권을 삭제하고 경찰에 보완수사만 요구할 수 있도록 정한 조항에 대해 “검사가 송치된 사건 기록 검토 과정에서 추가적인 사실 확인이나 구속 필요성이 있다고 판단돼도 직접 수사나 영장 청구를 할 수 없다”며 보완 필요성을 지적했다.
고소인 등이 경찰의 불송치 결정에 이의신청하지 않으면 검찰이 보완수사 요구를 할 수 없도록 한 부분에 대해선 “고소인 등의 법률적 지식이 부족하거나 여러 여건이 갖춰지지 않아 이의신청하지 않는 경우도 상정할 수 있다”고 평가했다. 보완수사를 요구할 수 있는 불송치 사건 범위를 확대해야 한다고 본 것이다.
또 경찰의 신청이 있을 때만 검찰이 구속영장을 청구할 수 있게 한 조항은 “검사가 사건을 송치받아 공소 제기 여부를 결정하는 단계에서도 도주·증거인멸 우려로 신속한 신병 확보가 필요할 수 있다”는 우려를 표명했고, 검찰이 경찰에 피해자 석방을 요구해도 ‘정당한 사유’가 있는 경우 석방하지 않을 수 있다는 조항에 대해선 “위법한 체포·구속에 대한 검사의 인권보호 기능이 제대로 수행되지 못할 우려가 있다”고 했다.
행정처는 개정안에 딸린 부칙에 대해서도 우려감을 드러냈다.
행정처는 개정안 시행일을 ‘공포 후 3개월이 경과한 날’로 정한 부칙에 대해 “개정안은 형사사법 체계의 큰 변화를 초래하는 제도로 검·경의 조직, 인적·물적 여건에 대해서도 상당한 변화와 준비작업이 필요할 것으로 보인다. 적어도 6개월에서 1년 정도의 유예기간을 두고 개정안 시행을 준비해야 한다”고 지적했다.
법안 시행 시점에 검찰이 수사 중인 사건을 경찰로 이관하도록 한 부칙에 대해선 “검찰로 송치돼 공소제기 여부 판단만 남은 사건, 구속기간 만료가 얼마 남지 않은 사건도 일괄 승계돼 효율적이고 적정한 사건 처리에 지장을 초래할 우려가 있다”며 “법 시행 후 개시되는 사건부터 개정법을 적용하도록 수정할 필요가 없는지 검토해야 한다”고 했다.