2008년 금융위 출범 후에는 자산운용과장, 중소금융과장, 은행과장, 금융정책과장을 거쳐 금융혁신기획단장, 금융산업국장을 역임했다. 2021년 7월부터는 금융정책국장을 맡아 가계부채 관리, 새출발기금, 안심전환대출 등 정부 주요 금융 정책을 총괄했다. 이후 2022년 9월부터 금융위 상임위원을 맡아왔다.
권 사무처장은 문재인 정부 초기에 청와대 경제정책비서관실 행정관으로 파견 근무를 했고, 윤석열 대통령직인수위원회에서 경제1분과(거시·금융) 전문위원을 지냈다.