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윤 당선인은 문재인 정부의 검경 수사권 조정 결과에 비판적인 시각을 보였으며, 대선 공약 중 사법 분야 핵심 정책으로 검찰의 독립·중립성 강화에 따른 위상 회복을 내세웠다. 대표적으로 책임 수사제를 해법으로 제시하고 있는데 경찰이 사건을 송치하면 검찰이 별도의 수사 보완을 요구하지 않고 직접 수사할 수 있도록 하는 내용으로 수사권을 재조정하겠다는 게 골자다.
남 본부장은 검·경 수사권 재조정 이슈와 관련해 “공약은 검사가 송치 후 직접 수사하도록 개정한다는 것인데, 국민 편의 관점에서 법무부, 검찰과 협의하겠다”며 “검경 간 이견이 발생하면 협의체를 통해 보완하겠다”고 강조했다.
이어 그는 경찰이 주장했던 대물 영장 제도 개선에 대해서는 “영장 문제는 개헌이 필요해 국민 합의 등 충분한 논의가 필요하다”며 “신속한 수사를 하면서도 국민 인권을 보장하기 위해 학계 등 의견을 수렴하겠다”고 한발 물러섰다.
그동안 경찰은 수사권 조정으로 검찰 수사권이 대거 경찰로 넘어왔지만, 영장 청구는 여전히 검찰 고유 권한이라 영장 청구 기능 중 일부를 가져와야 한다는 견해를 밝혔다. 남 본부장은 지난해 말 기자 간담회에서 “대물 영장이라도 경찰이 직접 법원에 신청할 수 있어야 한다”며 “영장심의위도 고검이 아닌 제3기관에 둬야 한다”고 주장했다.
대선 이후 윤 당선인과 가족, 이재명 더불어민주당 대선후보와 가족 등 관련 수사에 관심이 집중되는 가운데 경찰은 “법과 원칙, 절차에 따라 수사 중”이라고 원론적인 입장을 밝혔다.
남 본부장은 “윤 당선인 배우자인 김건희 씨 허위 경력 의혹 수사는 서울경찰청에서 고발인과 참고인 등을 조사하고 자료를 분석하고 있다”고 설명했다. 이어 “대장동 개발 로비·특혜 의혹 관련 성남시의회 수사는 지난 1월 전 성남시 의장을 구속 송치했고 시의원 등은 참고인과 관련자 조사 중”이라며 “성남FC는 분당경찰서에서 필요한 수사를 하고 있고, 법인카드 문제는 경기남부경찰청에서 고발인과 참고인 조사를 하고 있다”고 했다.
아울러 제20대 대선 사전투표 부실관리 의혹 수사는 고발장을 접수해 중앙선거관리위원회 관할 경기남부경찰청에서 하고 있다고 밝혔다.
우크라이나에 무단으로 입국한 이근 전 대위에 대한 수사에 관해서는 “서울경찰청 국제범죄수사계에서 여권법 위반으로 수사 중이며, 추가로 입국한 사람들에 대해서도 절차에 따라 수사하겠다”고 덧붙였다.