日 수출 규제 대응…세제 개편안에 R&D 인센티브 강화

홍남기(오른쪽) 경제부총리 겸 기획재정부 장관이 17일 경제활력대책회의에서 발언하고 있다. 기획재정부 제공

[세종=이데일리 이명철 기자] 올해 세제 개편안에 일본의 수출 규제에 대응하기 위한 기업 연구개발(R&D) 투자 세제 지원 방안이 담길 예정이다. 정부는 앞으로도 상황을 봐가며 기업 R&D 강화를 위한 인센티브 등을 지속 검토할 방침이다. 연내 일몰이 도래하는 비과세·감면 제도 중 신용카드 소득공제나 수소전기차 개별소비세 감면 등은 일몰이 연장될 전망이다.

17일 기획재정부 등에 따르면 정부는 이달 발표 예정인 세제 개편안에 신산업 R&D와 관련한 세제 인센티브를 포함하는 것을 검토하고 있다.

앞서 정부는 하반기 경제정책 방향과 서비스산업 혁신 전략 등을 통해 R&D 강화 방안을 발표한 바 있다. 여기에 일본의 반도체 소재 수출 규제로 주요 기술의 국산화가 화두로 떠올라 관련 산업의 육성이 시급한 상황이다.

홍남기 경제부총리 겸 기재부 장관은 이날 경제활력대책회의에서 일본 규제와 관련해 “산업경쟁력 확보를 위한 소재·부품·장비 산업 종합대책을 조만간 발표할 예정”이라며 “관련 R&D 지원, 실증 지원, 설비 능력 확충 지원, 관련 프로젝트 예비타당성 면제 검토 등 다각적 조치를 강구하고 있다”고 말했다.

우선 정부는 현재 국내 소재 기관으로 한정한 신성장기술 R&D 위탁연구개발비의 인정 범위를 확대할 계획이다. 해외연구기관이나 해외에 위치한 국내 기업의 자회사 등의 위탁연구개발비에 세제를 지원에 선진국과 기술 격차를 줄이자는 취지다.

신성장기술 R&D 관련 세액 공제 인건비 인정 범위 확대는 이번 세제 개편안에 반영하지 않을 것으로 보인다. 현재 해당 인건비는 전담 부서, 전담 연구인력만 인정하고 일반 R&D와 신성장 R&D를 병행하는 경우 신성장 R&D 세액공제를 적용하지 않는다. 이에 기업에서는 인건비의 인정 범위 확대를 요구하고 있다.

일반 R&D 비용에 대한 세액 공제율 상향 여부도 관심이다. 일반 R&D 설비투자에 대한 세액공제율은 2010년 10%에서 2018년 기업 규모별 1~7%로 지속 축소했다. 1995년부터 유지하고 있는 소액수선비 감가상각 특례 기준을 300만원에서 500만원 이상으로 올리는 방안도 검토 중이다.

정부는 이번 세제 개편안이 아니어도 일본 수출 규제 확대 등의 추이를 지켜보며 R&D 경쟁력 강화를 지원할 전망이다. 기재부 관계자는 “(일본 조치 관련) R&D 세제 인센티브 방안 등을 검토하고 있다”며 “세법 개정안에 담기지 않더라도 시행령 개정 등을 통해 시행할 수 있는 부분도 살펴보는 중”이라고 말했다.

올해말 일몰이 예정된 비과세·감면 제도 중 연간 감면액이 큰 항목들은 일몰이 연장된다.

신용카드 소득공제 제도의 경우 축소 방안을 검토했지만 반발이 커지자 당·정·청이 3년 연장 방안을 발표한 바 있다. 주택청약종합저축에 대한 과세연도 납부금액 40% 세제 혜택과 비과세 종합저축 중 만 65세 노인이나 장애인 생활보호자 대상 이자 소득 면제도 일몰 연장을 이미 확정했다.

수소전기차 개별소비세 5% 전체 감면도 일몰 시기가 올해말에서 2022년말까지 3년 연장됐다. 생산성 향상·안전시설 투자세액공제 제도 일몰은 2년 연장했고 의약품 제조 첨단시설, 위험물 시설 등 적용 대상을 확대했다.

반면 석유제품 공급자 외 주유소 등 매수자도 한국거래소 온라인 사이트에서 석유제품을 거래하면 세액공제를 해주던 석유제품 전자상거래에 대한 세액공제 등 일부 조항은 예정대로 폐지될 예정이다.