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서 전 실장은 2020년 9월 서해상에서 해양수산부 공무원 고(故) 이대준 씨가 북한군 총격에 사망하는 사건이 벌어졌던 당시 국가안보실 실장으로서 청와대 외교안보라인 최고위급 인물이었다.
검찰은 이 씨가 피살된 다음 날인 2020년 9월 23일 새벽 1시에 열린 관계장관회의에서 서 전 실장이 서욱 전 국방부 장관, 박지원 전 국가정보원장 등에게 자진 월북 방침과 배치되는 첩보를 삭제하라고 지시한 것으로 파악했다.
검찰은 지난 8월16일 서 전 실장의 자택 등을 압수수색했고 지난 24일과 25일 연이틀 서 전 실장을 불러 조사했다. 이씨가 자진 월북했다고 판단한 경위와 첩보 삭제 지시 및 실행 과정 등을 추궁한 검찰은 서 전 실장이 혐의를 부인하고 있는 점을 고려해 구속 영장을 청구했다.
한편 서 전 실장은 보안을 강화하기 위해 첩보 배포선을 제한한 것일 뿐, 정보 삭제를 지시하지는 않았다고 주장하고 있는 것으로 알려졌다.
서 전 실장에 대해 구속영장을 청구한 검찰은 조만간 박 전 원장도 불러 조사한 뒤 구속영장 청구 여부를 판단할 전망이다.