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서 전 장관은 지난 2020년 9월 해양수산부 공무원 고(故) 이대준 씨가 자진 월북했다는 정부 판단과 배치되는 내용의 군사 기밀을 군사통합정보처리체계(MIMS·밈스)에서 삭제하도록 지시한 혐의를 받고있다.
감사원이 발표한 감사 결과에 따르면 2020년 9월 23일 오전 열린 관계 장관회의가 끝난 뒤 서 전 장관 지시에 따라 밈스에 탑재된 군 첩보 관련 보고서 60건이 삭제됐다.
사건 경위를 수사한 해경의 총책임자였던 김 전 청장은 청와대 국가안보실 방침에 맞춰 확인되지 않은 증거를 사용하는 방식 등으로 자진 월북을 단정하는 수사 결과를 발표한 혐의를 받는다.