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우선 인권위는 국방부장관에게 별건 사건의 수사는 성폭력 범죄 피해자에 대한 2차 피해에 해당하므로 국방부검찰단에서 사건을 직권 이전해 재수사하도록 지휘하고 사건처리 과정을 철저히 감독하라고 했다. 그러면서 이 사건 사례를 국방부 및 각 군 수사기관에 전파해 성폭력 범죄 피해자에 대한 별건 사건 수사 시 2차 피해 예방 교육을 실시하고, 유사 사례가 발생하지 않도록 대책을 마련해 시행할 것을 권고했다.
이어 국방부검찰단장에게는 이 사건 진정의 원인이 된 2차 사건의 수사는 그 자체로서 성폭력 범죄의 2차 피해적 성격이므로 기소 여부 결정 시 불기소 처분 등을 적극적으로 고려할 것을 권고했다.
또 공군참모총장에게는 성폭력 범죄 피해자가 별건 사건으로 조사를 받으면 피해자를 위한 지원이 단절되지 않도록 대책을 마련해 시행하라고 권고했다. 그러면서 공군 수사기관 소속 직원들에게 성폭력 범죄 피해자의 2차 피해를 방지하기 위한 직무 교육을 실시할 것을 권고했다.
지난 8월 10일 군인권센터 부설 군성폭력상담소는 공군 모 비행단에서 발생한 성폭력 피해자에 대한 2차 피해 사건에 대한 진정을 제기했다. 이때 피해자 보호를 위한 긴급구제를 함께 신청했다.
이에 인권위는 8월 16일 임시 상임위원회를 개최해 2차 피해 사건에 대한 인권위의 판단이 나올 때까지 피해자에 대한 추가조사 및 기소 여부 판단을 잠정 중지하는 긴급구제 조치를 권고했으며, 공군은 이 권고를 수용했다.
이후 인권위 군인권보호위원회는 2차 피해 사건 조사를 통해 공군수사단이 공군 모 비행단 소속 B준위로부터 반복적으로 강제추행을 당한 A하사를 피해자로 수사하던 중 별건 수사를 통해 A하사를 피의자로 입건해 조사한 것은 성폭력 범죄 피해자에 대해 2차 피해를 가한 것으로 판단했다.
앞서 지난 4월 B준위가 강제추행 및 보복 협박 등의 혐의로 구속된 이후 공군수사단은 별건 수사를 통해 피해자인 A하사를 특수강제추행 혐의로 입건했다. 수사 과정에서 A하사에게 특수강제추행 혐의 적용이 어렵게 되자 공군수사단은 주거침입 및 근무 기피 목적 상해 혐의로 공군검찰단에 기소 의견으로 송치했다.
인권위 군인권보호위원회는 “공군이 무리한 별건 수사를 통해 A하사를 피의자로 입건한 것은 그 자체로 성폭력 범죄 피해자에 대한 2차 가해의 성격이 있다”며 “성인지 감수성이 결여된 매우 부적절한 수사”라고 판단했다.
특히 이 과정에서 △A 하사가 피해자인 사건과 피의자인 사건 모두를 동일한 군검사가 배당받아 수사한 점 △군검사의 심문 태도 및 사건에 대한 인식에 있어서 성인지 감수성이 결여된 점 △공군의 성폭력 피해자 지원이 단절된 점 △조사과정에서 유도신문을 하고 A하사의 진술이 합리적 이유 없이 배척된 점 등은 모두 2차 피해에 해당한다고 봤다.
아울러 인권위는 이번 결정은 지난 7월 1일 군인권보호관 출범과 함께 군대 내 성폭력 피해자 보호 조치를 더욱 강화하는 데 의미가 있다고 평가했다.