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김 전 장관은 이명박 정부 시절인 2012년 총선·대선 전후로 임관빈 전 국방부 정책실장, 김태효 전 청와대 대외전략기획관 등과 함께 군 사이버사 부대원에게 정부·여권을 지지하고 야권을 비난하는 댓글 9000여개를 작성하도록 지시한 혐의 등으로 기소됐다.
김 전 장관 등은 정치관여 사건을 수사하던 백낙종 전 국방부 조사본부장에게 청와대 민정비서관의 의견에 따라 핵심 관련자를 불구속 송치하도록 지시하고, 대선 개입 지시 존재를 실토한 부대원 진술을 번복하도록 지시하는 등 사건을 은폐·조작한 혐의 등도 받았다.
김 전 장관은 1·2심에서 모두 실형을 선고받았다. 1심 재판부는 정치관여와 일부 직권남용 혐의를 유죄로 인정해 징역 2년 6개월을 선고했고, 2심 재판부는 직권남용 일부 혐의를 무죄로 판단해 징역 2년 4개월의 감형된 형을 선고했다.
대법원도 김 전 장관의 정치관여 혐의는 유죄로 봐야 한다고 판단했다. 다만 2심에서 유죄가 인정된 일부 직권남용 권리행사방해 혐의에 대해선 무죄를 선고해야 한다고 지적했다. 대법원은 김 전 장관의 ‘불구속 송치’ 관련 등 직권남용 혐의는 무죄 취지로 판단했다.
대법원은 “피고인은 국방부 장관으로서 국방부조사본부가 수사하는 피의자의 신병에 관해 구체적이고 최종적인 결정권한을 가지고 있었다”며 “불구속수사 원칙 등을 참작해 결정할 수 있는 재량을 고려하면, 일부 부적절한 사정이 있더라도 불구속 송치 지시라는 직무행사의 목적이 국방부장관에게 구속영장 승인권한을 부여한 법 취지에 명백하게 반해 위법하다고 볼 수 없다”고 판시했다.
한편 대법원은 임 전 실장에 대해선 금고 1년 6개월에 집행유예 3년을 확정했고, 김 전 기획관에 대해선 벌금 300만원 선고유예를 확정했다.