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GTX 요금는 준고속 열차임에도 불구하고, SRT와 달리 수도권(서울시·인천시·경기도) 버스·전철과 GTX를 갈아탈 때 기본요금을 중복해서 추가로 내지 않아도 되는 환승 할인이 적용된다.
동탄역에서 수서역을 거쳐 서울지하철 3호선을 이용한다고 가정하면 SRT를 이용했을때 8800원, GTX-A를 탔을때는 4450원이 소요돼 4350원을 아낄 수 있다.
대중교통을 월 15회 이상 이용하여 지출금액의 일정비율을 돌려받을 수 있는 K-패스(5월부터 시행) 이용자들은 GTX를 이용한 경우에도 사후 환급이 가능하다. 환급을 받으면 수서~동탄 구간(4450원)을 일반인은 3560원, 청년은 3110원, 저소득층은 2070원으로 이용할 수 있다.
노인 무임승차는 적용하지 않는다. 성인을 기준으로 어린이(6~12세)는 50%, 청소년(13~18세)은 10%, 경로(65세 이상)는 30%, 장애인(중증)과 유공자는 50% 요금이 할인되어 교통 취약계층 등은 더욱 저렴하게 GTX를 이용할 수 있다.