1987년 행정고시 30회로 공직에 입문했다. 1996년 국가보훈처 보상지원국 직업보도과장, 2004년 혁신기획관, 2007년 보훈선양국장, 2008년 서울지방보훈청장, 2010년 기획조정관, 2013년 보상정책국장, 2015년 광주지방보훈청장, 2017년 기획조정실장을 역임했다.
청와대는 인선 배경에 대해 “이병구 신임 차장은 보훈행정에 대한 식견이 풍부하고 보훈 관련 현장과의 소통능력이 뛰어나 ‘따뜻한 보훈’을 실현해나갈 적임자”라고 설명했다.