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박 장관은 지난 2013년 11월 윤 당선인이 국정원 댓글 사건 수사 관련 외압을 폭로했다가 징계를 받자 페이스북을 통해 “윤석열 형! 형을 의로운 검사로 칭할 수밖에 없는 대한민국과 검찰의 현실이 슬프다”라고 적은 바 있다.
그러나 박 장관은 2020년 10월 대검찰청 국정감사에서는 당시 검찰총장이던 윤 당선인을 향해 “윤석열의 정의는 선택적 정의”라고 비판했고, 윤 당선인이 납득하기 어려워하는 모습을 보이자 “똑바로 앉으라”며 호통을 치기도 했다.
이후 두 사람은 지난해 3월 4일 윤 당선인이 검찰총장에서 사퇴하기 전까지 약 한 달간 법무부 장관과 검찰총장으로 일하며 인사 문제 등으로 갈등을 빚기도 했다.
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검찰의 독자적 예산 편성 공약과 관련해서도 “다음에 (이야기하겠다). 그 사안만 딱 꼬집어 이야기할 수 있는 사안이 아니고 전체적인 법체계의 정합성을 봐야 한다”라고 말했다.
앞서 윤 당선인은 대선 과정에서 사법 공약의 핵심으로 법무부 장관 수사지휘권을 폐지하고, 검찰총장이 매년 독자적으로 예산을 편성해 기획재정부에 요구할 수 있도록 제도화하겠다는 입장을 밝힌 바 있다.
이에 박 장관은 윤 당선인의 검찰 독립과 정치적 중립성 강화 공약에 대해 “법에 독립성이란 표현은 없고 검찰의 정치적 중립성이라는 표현이 검찰청법 제일 처음에 있다”며 “중립성을 어떻게 해석할 것이냐는 직제적으로 어떻게 가져갈지를 포함해 오랜 논란과 법철학적 근거·이유가 있다”라고 했다.
그러면서 “전직 검찰총장께서 당선자 신분이 됐으니 이런 점과 연관해 법의 문구나 그 자체 의미를 떠나 여러 현실 정치 또는 법리적인 상황들과 결부해 해석해야 할 것”이라며 “이건 당선자가 잘 알 것”이라고 덧붙였다.